如果出现自身免疫反应，身体的内分泌器官也会导致疾病。甲状腺是人体重要的内分泌器官，可受自身免疫的影响，引起多种自身免疫性疾病。常见的自身免疫性甲状腺疾病包括巴道氏病、桥本氏甲状腺炎，包括特发性甲状腺功能减退症。

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